FFU風機過濾單元系統比較復雜，控制的方式也是多種多樣的，其中有計算機群控、多檔開關控制、遙控控制等多種方法，具體的使用還要根據潔凈廠房中央空調系統、FFU的數量等進行綜合的考慮，以選擇較經濟、合理的控制方式，為用戶提供較好的使用方案。這三種控制方式都有它們各自的優缺點，現在就讓我們來一一分析一下。

　　一、計算機群控

　　這種方法是基于設備的總線設計，采用主機轉換接口，從主路由器至從路由器，再到FFU控制模塊的四層結構，其中主控較多可控制九臺主路由器，每個主路由器則可以管理三十臺從路由器，而從路由器的數量較多不能超過兩百臺，每個從路由器可控制三十臺的FFU控制模塊。

　　這種控制方式的優點是容易控制、可以進行調速、能實現比較復雜的應用，同時還能實現對FFU的集中控制和監管，能實現分區、分系統的控制，并且這種方法還具有節能的效果。而它的缺點是結構比較復雜、調試難度大、成本大。

　　二、多檔開關控制

　　這種方法指的是安裝一個電源（帶保護）和一個調速開關來實現對FFU的控制。它的優點是結構相對于比較簡單、調速穩定、成本低;而缺點是調速和故障問題操作起來很不方便。

　　三、遙控控制

　　這種方法是通過紅外線等方法來傳達微型風機的開關以及調速命令，從而實現對FFU的控制。它的優點也是結構比較簡單、調速穩定、控制起來比較方便、成本較低;而缺點是電磁信號會使遙控受到干擾，導致執行錯誤的操作，因此這種方法使用的時候還是要根據環境來決定的。